Desa Wayamiga secara administratif termasuk dalam wilayah Kecamatan Bacan Timur Kabupaten Halmahera Selatan. Jarak Desa Wayamiga dari kantor Bupati Kabupaten Halmahera Selatan sekitar 10 Km. Waktu tempuh dari pusat kota sekitar 10 menit, sedangkan waktu tempuh menuju ibu kota Kabupaten kira-kira 20 menit.
Desa Wayamiga terdiri dari 5 RT dan 3 Dusun. Luas wilayah Desa Wayamiga adalah 3000 Ha dengan batas-batas Desa sebagai berikut :
- Sebelah Utara : Desa Bori
- Sebelah Selatan : Desa Babang
- Sebelah Barat : Desa Marabose
- Sebelah Timur : Desa Sayoang